芝加哥大学拥有多个学院，主要包括：
本科学院部（Undergraduate College）
提供50个主修专业和28个辅修专业的理学学士和文学学士。
研究生院（Graduate Schools）
数理学部（Physical Sciences Division）
包括天文与天体物理系、化学系、计算机科学系、地球物理系、数学系、物理系、统计系等。
生物学部（Biological Sciences Division）
包括生物物理动力学研究所、计算研究所等。
人文学部（Humanities Division）
包括弗兰克人文科学研究所等。
社会科学部（Social Sciences Division）
包括史蒂文诺维奇金融数学中心、人类学系、人类比较发展学系、历史系、经济系、政治科学系、心理系、社会思想系、社会学系等。
职业学院（Professional Schools）
布斯商学院（Booth School of Business）
法学院（Law School）
神学院（Divinity School）
哈里斯公共政策学院（Harris School of Public Policy Studies）
普利兹克医学院（Pritzker School of Medicine）
社会服务管理学院（School of Social Service Administration, SSA）
格雷厄姆职业学院（Graham School of Continuing Liberal and Professional Studies）
继续教育学院（Continuing Education School）
提供非学位的课程与文凭教育。
芝加哥大学的各个学院在各自的领域中都有卓越的建树，例如商学院和法学院在全美都名列前茅