根据《中华人民共和国民办教育促进法》的规定，民办学校的管理部门主要包括：
教育行政部门：
负责民办教育的统筹规划、综合协调和宏观管理工作。具体职责包括：
办学许可证管理；
民办高校招生简章和广告备案的审查；
民办高校相关信息的发布；
民办高校的年度检查；
民办高校的表彰奖励；
民办高校违法违规行为的查处；
指导和协调普通高中、义务教育、幼儿教育和特殊教育的实施。
人力资源社会保障行政部门：
在各自的职责范围内，负责有关的民办教育工作，特别是与职业资格培训和职业技能培训相关的民办学校。
其他有关部门：
根据各自职责，参与民办教育工作。
民办教育机构在办理办学许可证时，需遵循一定的流程，并由上述部门按照各自的权限进行审批和监管。