工程单位在进行查账时，可以遵循以下步骤和方法：
1. 准备会计记录
确保所有财务交易和业务活动都有准确的会计记录，包括账务凭证、收据、发票、银行对账单等。
2. 审查银行对账单
核对银行对账单与公司账务记录的一致性，比对账单中的收入、支出和余额是否与公司的账目相符，以确认现金流量和银行余额的准确性。
3. 核对发票和收据
检查发票和收据是否与公司购买物品或接收服务的记录相匹配，验证金额的准确性和正确性。
4. 顺查法
按照会计业务处理的先后程序进行检查，即按照所有原始凭证的发生时序逐一进行检查。
5. 逆查法
从检查会计报表开始，对可疑账项和重要项目逐项核对总分类账、明细分类账和日记账，并有目的地审查记账凭证和原始凭证。
6. 详查法
对查账期间的全部凭证、账簿、报表及其他经济活动进行全面审查。
7. 抽查法
从全部凭证、账簿、报表等有关资料中抽取部分项目进行审查并据以推断全体情况。
8. 审查在建工程
审查反映在建工程的增强业务的会计资料，分析有关状况并查证问题。
9. 审查物资采购清单与物资供应计划
核对有无材料物资的超计划采购占用现金或者物件的超量采购造成成本增高。
10. 审查账外收入和资产
查找是否存在账外收入和资产，如私卖材料或固定资产未正确计入账目。
11. 审查虚报冒领费用开支
审查可疑凭证的来源，核对支出的流向和形式，直接找领款人或领款单位进行核对。
12. 审查对开假单据报销
审查发票来源，发票与入库实物对照，对发票进行技术鉴定，确定是否为真实的发票。
13. 使用现代化管理系统
利用e建设软件、U8金蝶、SAP等软件进行账目管理，记录工程详细信息，并进行清点和盘点。
14. 遵循内部管理制度
记账员应严格遵循企业内部财务管理制度，进行档案管理和存档备份。
15. 领导审批
对于大额的支出，需要进行领导审批和签字确认。
16. 及时制作财务报表
及时制作财务报表，让工程管理人员和企业决策者了解工程进展和经济效益。
以上步骤和方法可以帮助工程单位进行有效的查账，确保财务信息的准确性和合规性