间接持有通常指的是股东通过其直接控股或间接控股的子公司或孙公司持有或合计持有另一家公司50%以上股份的方式，从而获得对该公司的财务和经营方针的控制权。在确定间接持股比例时，可以遵循以下步骤：
确定直接持股比例
计算出中国企业对最终被投资企业的直接持股比例。
确定间接持股比例
如果中国企业通过一家或多家境外公司持有最终被投资企业的股份，需要计算出通过每家境外公司间接持有的股份比例，并将它们相加。
合并直接和间接持股比例
将直接持股比例与间接持股比例相加，得到总的持股比例。
考虑特殊规则
税法中可能有一些特殊规则和限制，如持股时间要求、持股比例的最低限制等，确保计算符合这些规则。
考虑双重居民身份
如果被投资企业是双重居民企业，需要根据税收协定的规定来确定其居民身份，从而确定是否适用间接抵免。
在实际操作中，可能需要考虑复杂的多层控股结构和各种税收协定条款。