药店不喜欢医保的原因主要有以下几点：
医保直接支付差价较大：
医保直接支付的药品价格普遍低于零售价，导致药店在刷医保卡时产生的差价可能会破坏其利润。
刷卡作业不支持信息化：
由于医保刷卡作业较为复杂，且药店的系统建设层次不够，缺乏运营方对刷卡作业的支持，使得药店刷卡作业体验不够友好。
刷卡程序过于复杂繁琐：
医保业务程序复杂多变，操作步骤繁琐，容易引起操作差错，耗费更多人力，影响药店吸引消费者的能力。
药店出于经济利益的考虑：
医保直接支付的药品价格低，可能导致药店利润降低。此外，刷卡作业需要药店具备一定的信息化水平，而一些药店可能因系统建设层次不够或缺乏运营方支持而面临刷卡体验不佳的问题。
非医保定点药店：
如果药店不是医保定点药店，则无法提供刷医保卡的服务。
药品不在医保保障范围内：
即使药店是医保定点药店，也并非所有药品都可以使用医保卡购买，只有符合基本医疗保险药品目录的药品才能使用医保卡。
医保卡中余额不足：
当参保人员购买药品的总额超出医保卡个人账户余额时，无法使用医保卡，药店会提示参保人员减少付款金额或选择其他支付方式。
合规经营压力：
集采药等“零差价”售药后，药店很难从中获得利润。此外，医保基金严管后，药店可能因为相关监管细则不够清晰明确而违规。
综上所述，药店不喜欢医保的原因主要涉及经济利益、系统支持、合规经营压力等多方面因素。