怀孕三个月建档的原因主要包括以下几点：
胎儿发育稳定：
在怀孕12周左右，即怀孕3个月时，胎儿的发育已经相对稳定，孕妇的身体也逐渐适应了怀孕的状态。此时建档，可以确保孕期的监测和管理更加有效。
规范孕期保健：
建卡可以规范地进行孕期保健，定期进行孕期检查，及时发现并处理可能出现的问题。医生会根据孕妇的基本信息、既往病史、家族病史等，提供个性化的孕期指导和保健服务。
记录孕期变化：
建档时，医生会记录孕妇的孕期变化，包括孕妇的身体状况、胎儿的生长发育情况等，以便在整个孕期进行系统的管理。
早期发现和处理问题：
在怀孕前三个月，胚胎发育尚不稳定，容易受到外界影响导致流产。通过早期建档和产检，可以及时发现并处理可能出现的问题，如某些疾病或不宜妊娠的情况，从而避免后期产生严重后果。
便于医疗管理：
建档后，孕妇的所有医疗记录都会详细记录在医疗档案中，这不仅方便医生给出诊断和处理，还便于孕妇在不同医院就诊时，医生能够了解孕期的整体情况。
综上所述，怀孕三个月建档是为了确保母婴健康，提供系统的孕期保健和管理，及时发现并处理可能出现的问题，同时便于医疗记录和跟踪。